第一阶段为共生发酵阶段（SYMBIOTIC FERMENTATION=SF)，靶向添加污染水体中的高效降解菌和从属菌、激活水体土著微生物的生长，快速建立有益微生物的主导地位，打通污染物质消减的反应通道，短时间内降低水体黑臭或富营养化程度、恢复其透光性、降低污染负荷，为第二阶段的系统修复阶段创造良好的条件。

第二阶段为以植物为引导的系统修复阶段（SYSTEM REMEDIATION=SR)，在共生发酵阶段的基础上，以人工干预的方式，构建大自然重构食物链的环境，通过生物操控的方式构建水体生产者—消费者—分解者的食物网链结构、营造健康的水体生态环境，将水体营养物质输出途径的食物链延长，恢复水体自净功能，并最终将营养物质转移出水体，实现污染向产出的转化。第二阶段示意图：